Asıl dava 26 Şubat 2016 tarihinde tüm sanıkların ile sonuçlanınca, bu soruşturmayı yürüten polisler ve yargı mensupları hakkında "kumpas" soruşturması başlatılmıştır. Bu yeni süreçte hazırlanan 1013 sayfalık kumpas iddianamesi , davanın aslında FETÖ/PDY tarafından TSK içindeki personeli tasfiye etmek amacıyla kurgulandığını ortaya koymuştur.
Bir eski subayın ifadesi, dosyada kilit rol oynuyordu. Eski subay, gençliğinde benzer bir hataya düşmüş, pişmanlıkla itiraf etmiş biriydi. Onun anlattıkları, A.T.'nin eylemlerinin ardındaki insanların kimliğine ışık tuttu ama aynı zamanda davayı daha da karmaşık hale getirdi: Bu iş yalnızca bir kişinin kararı mıydı, yoksa daha geniş bir şebekenin parçası mı? izmir askeri casusluk davasi iddianamesi tam metni
İddianamede, dijital materyallerin nasıl manipüle edildiği ve sahte delillerin nasıl üretildiği detaylandırılmaktadır. Asıl dava 26 Şubat 2016 tarihinde tüm sanıkların